X
تبلیغات
رایتل

ایران فایل دانلود

دانلود انواع فایل

دوشنبه 15 آذر 1395 ساعت 19:42

بررسی روابط ژنتیکی ارقام و پایه‌های سیب با استفاده از نشانگر مولکولی SSR

بررسی روابط ژنتیکی ارقام و پایه‌های سیب با استفاده از نشانگر مولکولی SSR

ثبت و شناسایی ارقام و پایه های گیاهی و تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها مستلزم دسترسی به روشهای دقیق و قابل تکراری که از شرایط محیطی متأثر نباشد، می باشد. روشهای سنتی تعیین هویت بر اساس مشاهده ظاهری درخت و میوه است. با توجه به اینکه بسیاری از خصوصیات ظاهری تحت تأثیر عوامل محیطی قرار می گیرند، این روش قابل اعتماد نیست.

با استفاده از نشانگرها در سطح ملکول DNA می توان اطلاعات دقیقی از ژنوم گیاهان بدست آورد.از جمله نشانگرهای معتبر در بررسی ژنوم سیب، نشانگر SSR است که بدلیل تکرارپذیری بالا، ایجاد الگوی باندی نسبتاً ساده و توارث همبارز در بررسی تنوع ژنتیکی و شناسه دار کردن ارقام و پایه های سیب کارایی بالایی دارد.
در بررسی حاضر از 5 جفت نشانگر پلی مورفیک SSR بر روی 24 رقم و پایه سیب بمنظور تهیه شناسنامه ژنتیکی برای بعضی از ارقام و پایه ها و همچنین تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها استفاده شد. نمونه های برگی از کلکسیون سیب جمع آوری و DNA آنها استخراج شدند و سپس با استفاده از نشانگرهای اختصاصی SSR مورد تکثیر قرار گرفتند. پس از الکتروفورز عمودی در دستگاه توالی یاب DNA در ژل پلی آکریل آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره در مجموع 52 آلل پلی مورفیک در 5 لوکوس ریزماهوار ( میانگین 4/10 در هر لوکوس) شناسایی شدند. تجزیه کلاستر بطور جداگانه برای ارقام و پایه ها بر اساس حضور و عدم حضور باند با استفاده از برنامه NTSYS و ضریب تشابه Dice مبتنی بر UPGMA انجام گرفت. دندوگرام حاصل از ارقام نشان داد که ارقام مورد بررسی تنوع زیادی داشتند و در 6 کلاستر جای گرفتند و سیبهای گلاب مورد بررسی توسط این 5 جفت نشانگر از هم تفکیک شدند. در دندوگرام پایه ها شباهت دو پایه MM111و MM106 مشاهده گردید.

با استفاده از 3 آغازگر (CH01H01,02B1,CH02B10) باندهای اختصاصی در ارقام (24 رقم) مشاهده شد. همچنین اگوی نواربندی اختصاصی برای بعضی از ارقام در هر آغازگر بدست آمد. در نهایت این 5 آغازگر توانستند آللهای اختصاصی مربوط به پایه ها را تعیین کنند.

فهرست مطالب

چکیده:
مقدمه
فصل اول
بررسی منابع و کلیات
1-1- تاریخچه و گسترش سیب در جهان
2-1- درخت سیب و خواص بتانیکی آن

3-1- فرآورده‌های سیب
4-1- خواص دارویی سیب
5-1- ارزش غذایی سیب
6-1- پایه‌های سیب
1-6-1-پایه‌های بذری

2-6-1- پایه‌های رویشی(غیر بذری)
1-2-6-1-پایه‌های مالینگ
2-2-6-1- پایه های مالینگ مرتون
3-2-6-1-پایه های بوداگوسکی
7-1- زیست شناسی مولکولی
1-7-1- نشانگر
2-7-1- هدف از کاربرد نشانگر
3-7-1- انواع نشانگرهای ژنتیکی
1-3-7-1- نشانگرهای ریخت‌شناسی (مورفولوژیکی)
2-3-7-1- نشانگرهای سیتوژنتیکی
3-3-7-1- نشانگرهای ملکولی در سطح پروتئین
4-3-7-1- نشانگرهای مولکولی در سطح DNA
5-3-7-1- انواع نشانگرهای DNA
الف) نشانگرهای DNA غیر مبتنی بر PCR
– تفاوت طول قطعات حاصل از هضم (RFLP)
– تعداد متفاوت ردیف‌های تکراری و ماهوارک‌ها (VNTR & Minisatellites)
– پویش ژنومی نشانه‌های هضم (RLGS)
ب) نشانگرهای DNA مبتنی بر PCR
4-7-1- ردیف‌های تکراری
1-4-7-1- ماهواره‌ها
2-4-7-1- ماهوارک‌ها
3-4-7-1- ریز ماهواره‌ها (میکروستلایت‌ها یا SSR)
5-7-1- چگونگی ایجاد میکروستلایت‌ها
6-7-1- خصوصیات نشانگرهای SSR
7-7-1- کاربردهای نشانگرهای SSR
8-7-1- مزایای ریز ماهواره ها
9-7-1- معایب ریز ماهواره‌ها
10-7-1- اساس چند شکلی در جایگاههای ریزماهواره
1-10-7-1- مدل کراسینگ اور نا متقارن (UCO)
2-10-7-1- مدل سر خوردن پلیمراز هنگام همانند سازی(SSM)
8-1- واکنش زنجیره ای پلیمراز
1-8-1- اجزای واکنش PCR
1-1-8-1- آنزیم
2-1-8-1-مخلوط ذروکسی نوکلئوتید تری فسفات ( dNTPs )
3-1-8-1- DNA الگو
4-1-8-1- آغازگرها
5-1-8-1- بافرها و کلرید منیزیوم
2-8-1- عوامل مؤثر براختصاصی بودن واکنش PCR
1-2-8-1- غلظت مخلوط PCR
2-2-8-1- دما
3-2-8-1- تعداد و طول سیکل
4-2-8-1- افزاینده های PCR
3-8-1- (TD-PCR) Touch Down PCR
4-8-1- PCR آشیانه ای
9-1- الکتروفورز ژل آگارز
10-1- الکترفورز ژل پلی آکریل آمید
11-1- مروری بر تحقیقات انجام شده توسط نشانگر SSR
منابع و مآخذ



خرید فایل



ادامه مطلب
شنبه 13 آذر 1395 ساعت 13:39

ارتباط چندشکلی های ژنتیکی CAT C-262Tو SOD1 A251G با خطر ابتلاء به سرطان معده

ارتباط چندشکلی های ژنتیکی CAT C-262Tو SOD1 A251G با خطر ابتلاء به سرطان معده

استرس های اکسیداتیو با پیشرفت بسیاری از بیماری ها رابطه ی مستقیم دارند. گونه های فعال اکسیژن (ROS) بسیار ناپایدارند و باعث آسیب ماکرومولکول ها از طریق اکسیداسیون می شوند. استرس اکسیداتیو می تواند در شرایط ازدیاد غلظت ROS و کمبود ظرفیت آنتی اکسیدانی بدن اتفاق افتد. مسیرهای آنزیم های آنتی اکسیدان از مهم ترین مسیرهای درگیر در سم زدایی گونه های فعال اکسیژن (ROS) و جلوگیری از صدمات ناشی از این گونه های فعال اکسیژن می باشند. ژن های کاتالاز و سوپر اکسید دیسموتاز1 از جمله مهمترین مکانیسم های دفاعی در برابر استرس های اکسیداتیو می باشند. بنابراین ممکن است بین چند شکلی های این ژن ها با انواع بیماری ها مانند سرطان معده ارتباط وجود داشته باشد. دراین مطالعه مورد شاهدی 160 فرد مبتلا به سرطان معده و241 فرد سالم به عنوان گروه کنترل انتخاب شدند. ژنوتیپ های چند شکلی تک نوکلئوتیدی CAT C-262T و SOD1 A251G با روش PCR-RFLP مشخص گردیدند. تفاوت در فراوانی های گروه شاهد و بیمار را با آزمون کای2 و میزان خطر، نسبت شانس (OR) و فاصله اطمینان 95% با کمک رگرسیون لجستیک به دست آوردیم. پس از انجام آنالیز ارتباط معناداری بین چند شکلی ژنتیکیCAT C-262T و سرطان معده مشاهده نشد (304/0= P ،23/1-52/0=­CI 95% ،80/0= OR). اما رابطه ی معناداری با ژنوتیپ AG (026/0= P،91/0-24/0=­CI 95% ،47/0= OR) و AG+GG (021/0= P،88/0-23/0=­CI 95% ،45/0= OR) ژن SOD1و سرطان معده مشاهده شد بطوری که آلل G خطر ابتلاء به سرطان معده را کاهش می دهد (021/0= P،89/0-24/0=­CI 95% ،46/0= OR).

کلید واژه: ROS، چند شکلی های ژنتیکی، ژن های آنتی اکسیدان، سرطان معده

فهرست مطالب

فصل اول: مقدمه

1-1- مقدمه بر سرطان معده................................................................................................................. 2

1-2- عوامل خطر سرطان معده............................................................................................................ 3

1-2-1- جنسیت و سن................................................................................................................... 3

1-2-2- قومیت و توزیع جغرافیایی.............................................................................................. 3

1-2-3- عفونت هلیکوباکترپیلوری................................................................................................ 3

1-2-4- تغذیه.................................................................................................................................... 4

1-2-5- مصرف سیگار...................................................................................................................... 5

1 -2-6- گروه خونیA..................................................................................................................... 5

1-2-7- سابقه خانوادگی ................................................................................................................ 5

1-2-8- ناپایداری های ژنتیکی...................................................................................................... 6

1-2-9- تغییرات اپی ژنتیکی........................................................................................................ 7

1-3- اپیدمیولوژی سرطان معده........................................................................................................... 7

1-4- سرطان معده در ایران................................................................................................................... 8

1-5- ژن کاتالاز......................................................................................................................................... 8

1-6- ژن سوپر اکسید دیسموتاز1...................................................................................................... 10

1-7- هدف .............................................................................................................................................. 12

فصل دوم: مروری بر تحقیقات انجام شده

2-1- مطالعات انجام شده بر روی ارتباط چند شکلی ژنتیکیC-262T

در ژن کاتالاز و ارتباط آن با چندین بیماری.................................................................................... 14

2-2- مطالعات انجام شده بر روی ارتباط چند شکلی ژنتیکیA251G

در ژن سوپر اکسید دیسموتاز یک و ارتباط آن با چندین بیماری............................................ 16

2-3- فرضیه.............................................................................................................................................. 17

فصل سوم: روش انجام کار

3-1- نمونه گیری.................................................................................................................................... 19

3-2- وسایل مورد نیاز............................................................................................................................ 19

3-3- مواد مورد نیاز .............................................................................................................................. 20

3-3-1- محلول های لازم جهت استخراجDNA ................................................................. 20

3-3-2- مواد لازم جهت انجام PCR......................................................................................... 20

3-3-3- موادلازم جهت انجام الکتروفورز................................................................................... 21

3-3-4- مواد لازم جهت اثر دادن آنالیز محدودکننده........................................................... 21

3-4- استخراجDNA از خون محیطی به روش جوشاندن (Boiling).................................. 21

3-5- واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR)........................................................................................ 22

3-6- تعیین ژنوتیپ............................................................................................................................. 23

3-6-1- تعیین ژنوتیپ ژن کاتالاز............................................................................................... 23

3-6-2- تعیین ژنوتیپ ژن SOD1............................................................................................. 24

3-7- الکتروفورز....................................................................................................................................... 26

3-8- رنگ آمیزی ژل............................................................................................................................. 27

3-9- تحلیل آماری.................................................................................................................................. 28

فصل چهارم نتایج

4-1- مشخصات افراد شرکت کننده در مطالعه............................................................................ 30

4-2- بررسی عوامل خطر دخیل در سرطان معده....................................................................... 31

4-3- بررسی تعادل هاردی- واینبرگ در جمعیت....................................................................... 32

4-4- مقایسه فراوانی ژنوتیپی و آللی بین دو گروه شاهد و بیمار........................................... 33

4-5- ارتباط سرطان معده با اثر همزمان چند شکلی های ژنتیکی ژن های

سوپر اکسید دیسموتاز یک و کاتالاز................................................................................................ 34

4-6- بررسی ارتباط ژنوتیپ های ژن های سوپر اکسید دیسموتاز یک

و کاتالاز و برخی از عوامل خطر سرطان معده............................................................................... 35

فصل پنجم: بحث و نتیجه گیری

5-1- بحث و نتیجه گیری.................................................................................................................... 38

5-2- پیشنهادات...................................................................................................................................... 42

فهرست منابع و مآخذ............................................................................................................................ 43

فهرست جدول ها

جدول3-1- مواد مورد نیاز برای تهیه مخلوط واکنش PCR............................................................ 22

جدول3-2- برنامه تنظیم شده برای واکنشPCR جهت تکثیر ژن کاتالاز................................. 23

جدول3-3- قطعات حاصل از هضم آنزیمی برای ژنوتیپ های چند شکلی

ژنتیکی C-262T در ژن کاتالاز.................................................................................................................. 24

جدول 3-4- برنامه تنظیم شده برای واکنش PCR جهت تکثیر ژن SOD1............................. 25

جدول3-5- قطعات حاصل از هضم آنزیمی برای ژنوتیپ های چند شکلی

ژنتیکی A251Gدر ژن SOD1................................................................................................................. 26

جدول4-1- مشخصات جمعیت مورد مطالعه........................................................................................ 30

جدول4-2- بررسی عوامل خطر دخیل در سرطان معده.................................................................. 31

جدول4-3- فراوانی آللی و ژنوتیپی ژن کاتالاز در گروه های شاهد و بیمار................................ 32

جدول4-4- فروانی آللی و ژنوتیپی ژن SOD1 در گروه های شاهد بیمار................................... 32

جدول4-5- آنالیز توزیع فراوانی های ژنوتیپی و آللی در ژن کاتالاز بین دو گروه شاهد و

بیمار.................................................................................................................................................................. 32

جدول4-6- نتایج توزیع فراوانی های ژنوتیپی و آللی در ژنSOD1 بین دو گروه

شاهد و بیمار................................................................................................................................................... 34

جدول4-7- ارتباط سرطان معده با اثر همزمان چندشکلی ژنتیکی

ژن های SOD1 و کاتالاز............................................................................................................................. 35

جدول4-8- ارتباط ژنوتیپ های ژن CAT با سرطان معده پس از

تعدیل سابقه خانوادگی به عنوان عامل خطر......................................................................................... 35

جدول4-9- ارتباط ژنوتیپ های ژن CAT با سرطان معده پس از

تعدیل مصرف دخانیات به عنوان عامل خطر......................................................................................... 36

جدول4-10- ارتباط ژنوتیپ های ژن SOD1 با سرطان معده پس از

تعدیل سابقه خانوادگی به عنوان عامل خطر......................................................................................... 36

جدول4-11- ارتباط ژنوتیپ های ژن SOD1 با سرطان معده پس از

تعدیل مصرف دخانیات به عنوان عامل خطر........................................................................................ 36

جدول5-1- فراوانی آللT چند شکلی ژنتیکی C-262T ژن کاتالاز در

جمعیت های مختلف.................................................................................................................................... 39

جدول5-2- فراوانی آلل G از چند شکلی A251G ژنSOD1 در

جمعیت های مختلف.................................................................................................................................... 41

فهرست شکل ها

شکل1-1- ساختار ژن CAT و چند شکلی ژنتیکی CAT C-262T.............................................. 10

شکل1-2-ساختار ژن سوپر اکسید دیسموتاز1 و چند شکلی ژنتیکی SOD1 A251G.......... 12

شکل3-1- تعیین ژنوتیپ چند شکلی ژنتیکی ژن کاتالاز................................................................. 27

شکل3-2- تعیین ژنوتیپ چند شکلی ژنتیکی ژن سوپر اکسید دیسموتاز1............................... 27



خرید فایل



ادامه مطلب
چهارشنبه 17 شهریور 1395 ساعت 15:20

دانلود پروژه روشی جدید برای الگوریتم زمانبندی CPU :با گردش بنوبت ژنتیکی

پروژه روشی جدید برای الگوریتم زمانبندی CPU :شک نکنید که یک پروژه جامع و کال هست و بسیار عالی و کاربردی نویسنده به این موضوع پرداخته و تیک داکیومنت۹۸  این پروژه خاص و جالب رو به رایگان در اختیار شما میگذارد با ما همراه باشید….یک موضوع جالب در سیستم عامل, زمانبندی CPU است.این زمانبندی به تخصیص CPU مربوط است که فراینده ها را در سیستمی کامپیوتری اجرا میکند.زمانبندی CPU وظیفه ی اصلی سیستم عامل است[۱].زمانبندی باید بدرستی برای نگه داشتن بیطرفی و جلوگیری از فرایندهایی که هرگز CPU را تخصیص نمیدهد انجام شود(فرایند گرسنگی).زمانبندی CPU ضروری است , بخصوص در سیستم شبکه ی کامپیوتری که از گروهی از ایستگاههای کاری و سرویس دهندهها تشکیل میشود.سپس,در این سیستم عامل جدید ,کامپیوتر چند وظیفه ای ,یک هدف است و این به الگوریتم برای زمانبندی CPU متکی است.بهمین دلیل CPU بخش موثر یا مهم یک کامپیوتر است ...



ادامه مطلب